Stasiun Medari dibangun oleh Nederlandsch Indische Spoorwegen Maatschappij (NISM) pada tahun 1898. Stasiun Medari dibangun untuk melayani kereta uap trem. Stasiun Medari difungsikan sebagai stasiun sampai dengan tahun 1976 dan kemudian ditutup karena jalur yang melewati Stasiun Medari sudah tidak aktif. Stasiun ini juga terhubung dengan rel yang menuju pabrik gula Medari (Suikerfabriek Medari)
Eks Stasiun Medari beralamat di Dusun Ganjuran, Kelurahan Caturharjo, Kecamatan Sleman. Saat ini bangunan sudah tidak digunakan lagi sebagai stasiun, tetapi digunakan sebagai gudang. Bangunan stasiun menghadap ke arah selatan dan memiliki panjang 14 meter dan lebar 4 meter sehingga memiliki luas 56 m2. Bangunan stasiun memanjang dari barat ke timur